A Fundação Universidade de Cruz Alta, mantenedora da Unicruz, é uma Instituição de direito privado e de caráter comunitário. Foi criada pelo decreto n° 97.000 de 21 de outubro de 1988.

      São órgãos da administração da Fundação:

•  Conselho Curador: compete estabelecer as diretrizes e as metas na Instituição, assim como fiscalizar a sua execução. Composição:

Reitora - Elizabeth Fontoura Dorneles;
Vice-Reitora de Graduação - Sirlei de Lourdes Lauxen;
Vice- Reitora de Pós-Graduação, Pesquisa e Extensão - Cléia Rosani Baiotto;
Vice-Reitora de Administração - Fábio Dal-Soto;
Representantes Corpo Docente - Patrícia Dall’Agnol Bianchi, Veronice Mastella da Silva, Élbio Nallen Jorgens e Adelino Nunes Machado;
Representantes Corpo Técnico-funcional - Regis Coradini de Oliveira, Rosane Giacomini Pascualeto;
Representante Diretório Central de Estudantes - João Ricardo Vieira Oliveira; 
Representante Diretórios Acadêmicos -
Representante Prefeitura Municipal de Cruz Alta - Juliano da Silva;
Representante Câmara Municipal de Cruz Alta - - Jorge Luis Correa Bonaldi;
Representante COREDE – Alto Jacuí - Gicélia Barbosa Carvalho;
Representante CORECON – RS - Enedina Maria Teixeira da Silva;
Representante OAB/RS – Subseção Cruz Alta Luiz Lenio Gai;
Representante 9ª Coord. Regional de Educação – Cruz Alta - Andréia Camargo Barcelos Meireles;
Representante ACI Cruz Alta - Manoel Emerson Cesar de Souza;
Representante CDL Cruz Alta - Rafael Vieira de Mello Lopes;
Representante Sindicato Rural de Cruz Alta - Silvio Américo Ohse;
Representante FUNDACEP – Cruz Alta  - José Ruedel;
Representante Soc. dos Engº. Agrônomos de Cruz Alta - Nédio Argenton Giordani;
Representante COTRICRUZ - Leandro Daniel Mundstock;
Representante Sindicato dos Comerciários de Cruz Alta - Bento Alipio da Silveira;

• Conselho Diretor: órgão de natureza representativa e executiva da Fundação Universidade de Cruz Alta. Composição Gestão 2011/2013:

Presidente - MSc. José Ricardo Libardoni dos Santos;
Vice-Presidente - MSc. José Carlos Severo Correa;
Conselheiro Titular - Eduardo Müller Reck;
Suplentes:  Volnei Stefanello;
 

• Conselho Fiscal: órgão da administração contábil-finaceira da Fundação Universidade de Cruz Alta, integrado por três membros:

Titular - Airton Donatti; 
Titular - Ivo Vanderlei Pereira da Motta;
Titular - Marcelo Gonçalves de Castro;